巴南區(qū)的前身是千年歷史名邑巴縣。早在3000多年前的商代,巴人就在此繁衍生息,立國建都。秦代置巴郡,南朝齊代置墊江縣,北周時改稱巴縣并沿襲至1995年。1995年經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)撤縣建區(qū),成立巴南區(qū)。歷史上,巴縣先后涌現(xiàn)出了“寧拋頭顱不丟寸土”的英雄將軍巴蔓子、“革命軍中馬前卒”鄒容、辛亥革命志士楊滄白、新中國首任女大使丁雪松等優(yōu)秀兒女。區(qū)境內(nèi)常住人口以漢族為主,其次有苗族、回族、藏族、彝族等40多個少數(shù)民族2500余人。
2025年4月,被命名為全國雙擁模范城(縣)。
2024年3月,交通運輸部、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部、國家郵政局命名巴南區(qū)為第四批“四好農(nóng)村路”全國示范縣。
2024年2月,巴南區(qū)被命名為全國社會治安防控體系建設(shè)示范城市。
2024年1月,巴南區(qū)被命名為全國醫(yī)養(yǎng)結(jié)合示范縣(市、區(qū))。
2023年11月,入選國家農(nóng)村產(chǎn)權(quán)流轉(zhuǎn)交易規(guī)范化試點。
2023年8月,巴南區(qū)被納入2023年國家鄉(xiāng)村振興示范縣創(chuàng)建名單。
2023年7月,巴南區(qū)被確定為第三批城鄉(xiāng)交通運輸一體化示范創(chuàng)建縣。
周赧王元年(314年),始置江州縣,屬巴郡。
南朝齊改名墊江縣。
北周孝閔帝元年(557年)為楚州地,武成三年(561年)易名巴縣,后一直沿用。
隋、唐隸渝州,北宋屬恭州,南宋屬重慶府。
元屬重慶路。
元末為明玉珍大夏政權(quán)國都。
明、清屬重慶府。
1914年屬東川道。
1935年屬第三行政督察區(qū)。
1949年11月后,初屬川東行政區(qū)巴縣專區(qū)、璧山專區(qū)。
1951年改屬重慶市。
1953年屬江津?qū)^(qū)。
1958年屬重慶市至今。
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